Η περιοχή Natura2000 με κωδικό ονομασίας GR2220003, περιλαμβάνει τις νησιωτικές περιοχές του εσωτερικού αρχιπελάγους του Ιονίου: Αρκούδι, Μεγανήσι, Άτοκο και Βρόμωνα. Το θαλάσσιο περιβάλλον της περιοχής προσφέρει καταφύγιο σε πολλούς σημαντικούς θηρευτές που καταδεικνύει τον βιολογικό πλούτο της περιοχής. Ειδικότερα το Delphinus delphis παρατηρείται στην περιοχή αυτή. Ένας άλλος σημαντικός τύπος φυσικού οικοτόπου που αποτελεί κοινή συνιστώσα του παραθαλάσσιου και θαλάσσιου περιβάλλοντος είναι τα θαλάσσια στρώματα της Ποσειδωνίας. Επίσης το είδος Pinna nobilis βρίσκεται σε εξαιρετικά επίπεδα σχετικά με τα όρια της ευρωπαϊκής Οδηγίας 92/43/EΟΚ Παράρτημα 4. Μικρές συστάδες Juniperus phoenicea βρίσκονται σε καλή κατάσταση και συμμετέχουν στην σύνθεση της βλάστησης της περιοχής.

Η περιοχή Natura2000 με κωδικό ονομασίας GR2240002, περιλαμβάνει τις περιοχές της ενδοχώρας του νησιού της Λευκάδας και συγκεκριμένα την περιοχή Χορτάτων. Η σημασία αυτής της περιοχής είναι σημαντική για την χλωρίδα και την βιογεωγραφία. Στην συγκεκριμένη περιοχή συναντώνται αρκετά καταχωρημένα ενδημικά είδη όπως το P. mascula subsp. Russi και P. peregrina. Η Λευκάδα αποτελεί το μοναδικό τόπο στην Ελλάδα που η Paeonia επικαλύπτει αρκετό γεωγραφικό χώρο.

Η περιοχή Natura2000 με κωδικό ονομασίας GR2240001, περιλαμβάνει τις περιοχές της λιμνοθάλασσας των στενών της Λευκάδας και τις αλυκές της. Αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους υγροτόπους των Ιονίων Νήσων και είναι σημαντικός για την οικονομία της περιοχής λόγω της γεωγραφικής του θέσης. Η ποικιλία των ενδιαιτημάτων, μαζί με την παρουσία πλούσιας χλωρίδας και αμμοθινών, των αλμυρών ελών και του ενδημικού φυτού Arenaria leucadia, είναι στοιχεία που ενισχύουν τη σημασία της περιοχής. Παράλληλα, η ύπαρξη των υγροτόπων επιτρέπει σε ένα μεγάλο αριθμό υδρόβιων πτηνών να διαβιούν εκεί. Η συγκεκριμένη περιοχή προστατεύεται επίσης από την συνθήκη Ramsar, ως μέρος του Αμβρακικού κόλπου, καθώς και από την οδηγία 79/409/EΟΚ, την Σύμβαση της Βαρκελώνης και την ελληνική νομοθεσία. Επίσης, το ασπόνδυλο είδος Zerynthia polyxena προστατεύεται από την Σύμβαση της Βέρνης.

Η περιοχή Natura2000 με κωδικό ονομασίας GR2310014 και GR2310006 , περιλαμβάνει την Λίμνη Βουλκαριά νοτιοανατολικά της πόλης του Ακτίου και την Λίμνη Σαλτίνη ή Σαλλίνη δυτικά του Ακτίου αντίστοιχα. Η Βουλκαριά αποτελεί μια αρκετή μεγάλη λίμνη 940 ha και μέγιστο βάθος στα 2.5 m και περιβάλλεται από καλαμιές 10-500 m . Μεγάλος αριθμός ταξινομημένων πουλιών συναντάται στην περιοχή. Η λίμνη Σαλτίνη ή Σαλλίνη είναι μια παράκτια λίμνη που καλύπτει 210 ha. Ανατολικά της λίμνης αναπτύσσονται αγροτεμάχια με ελαιόδεντρα. Στη βόρεια πλευρά της λίμνης δίπλα στο χωματόδρομο που χωρίζει την λίμνη από το αεροδρόμιο του Ακτίου υπάρχουν συστάδες με Asphodelus aestivus, Dittrichia viscosa, Romulea bulbocodium.

Η περιοχή Natura2000 με κωδικό ονομασίας GR2220003, περιλαμβάνει τις νησιωτικές περιοχές του εσωτερικού αρχιπελάγους του Ιονίου: Αρκούδι, Μεγανήσι, Άτοκο και Βρόμωνα. Το θαλάσσιο περιβάλλον της περιοχής προσφέρει καταφύγιο σε πολλούς σημαντικούς θηρευτές που καταδεικνύει τον βιολογικό πλούτο της περιοχής. Ειδικότερα το Delphinus delphis παρατηρείται στην περιοχή αυτή. Ένας άλλος σημαντικός τύπος φυσικού οικοτόπου που αποτελεί κοινή συνιστώσα του παραθαλάσσιου και θαλάσσιου περιβάλλοντος είναι τα θαλάσσια στρώματα της Ποσειδωνίας. Επίσης το είδος Pinna nobilis βρίσκεται σε εξαιρετικά επίπεδα σχετικά με τα όρια της ευρωπαϊκής Οδηγίας 92/43/EΟΚ Παράρτημα 4. Μικρές συστάδες Juniperus phoenicea βρίσκονται σε καλή κατάσταση και συμμετέχουν στην σύνθεση της βλάστησης της περιοχής.